Tous les matins, un dossier est remis au Président des Etats-Unis faisant état de toutes les menaces planant sur le pays : la Threat Matrix. Ce matin-là, un prisonnier informe les autorités qu'un navire contenant des terroristes approcherait des côtes américaines. L'agent spécial John Kilmer et son groupe d'intervention se lancent alors à la recherche d'informations, mais Kilmer s'inquiète pour son ex-femme Frankie, également membre du groupe, envoyée enquêter au Pakistan...
S01E02 - Soldat dans l'âme
Kilmer et son équipe découvrent qu'un ancien vétéran du Vietnam ainsi qu'un agent chargé de l'application des lois sur les stupéfiants sont, en fait, de véritables trafiquants de drogue. Les dealers ont mis au point un savant stratagème en se servant d'un petit laboratoire de la ville pour mener à bien leurs affaires...
S01E03 - La Dame de pique
Le Dr Germ, une brillante scientifique s'enfuit de Bagdad avec une arme chimique. Son but : venger la mort de ses parents. Kilmer tente de l'arrêter et s'expose à des gaz toxiques...
S01E04 - Course à la mort
Trois jeunes renégats partent pour Las Vegas et transportent avec eux un virus mortel qui, s'il était répandu, aurait de terribles conséquences. Kilmer et son équipe courent le risque de s'exposer au danger afin de les arrêter avant qu'ils n'arrivent à destination...
S01E05 - Faux frère
Kilmer et son équipe sont à la recherche d'un terroriste qui projette de faire exploser des bombes dans plusieurs grandes universités. Mo est surpris d'apprendre qu'Amir, l'un de ses plus vieux amis, fait figure de suspect...
S01E06 - Destination inconnue
Un avion contenant du matériel nucléaire a été volé sur un aéroport sénégalais. L'appareil ne répond pas aux injonctions des contrôleurs aériens et se dirige dangereusement vers Washington...
S01E07 - Le Choix de Frankie
Frankie tente de prévenir une tentative d'assassinat d'un homme politique en interrogeant le seul homme susceptible de connaître l'identité du suspect. Mais, durant sa garde à vue, le prisonnier interrogé par Frankie décède. Kilmer intervient pour prendre la défense de Frankie...
S01E08 - Sniper
Un jeune sniper, déséquilibré, s'apprête à faire de nombreuses victimes à San Diego. L'agence Matrix composée de l'élite des agents spéciaux, opère avec le FBI pour arrêter le plus vite possible cet homme homme des plus dangereux...
S01E09 - Passion froide
Le colonel Roger Atkins, un compatriote et un agent russe unissent leurs forces pour retrouver des billets de banque imbibés de poison...
S01E10 - Agent sous couverture
Mo joue le rôle d'un agent double afin d'arrêter un trafiquant d'armes. Celui-ci est très dangereux. Il transporte des missiles sur le sol américain...
S01E11 - Braquage à la Mexicaine
Le hold-up d'une banque à Mexico force toute l'équipe et l'ambassadeur de Mexico à travailler ensemble. Mais des alliances secrètes se créent, mettant la vie de Frankie en péril...
S01E12 - Pressions diplomatiques
Atkins informe Kilmer de la disparition de l'assistante d'un ministre nord-coréen présent à Washington pour les négociations d'un traité de non-agression avec les USA. Au même moment, Vargas envoie un message de détresse à ses collègues...
S01E13 - A L'image du père ?
John Kilmer et son équipe doivent arrêter un terroriste qui tente de quitter le pays avec sa petite fille et, simultanément, désamorcer une bombe...
S01E14 - Voleurs de vies
Tous les agents se mobilisent afin d'empêcher une explosion radioactive qui serait catastrophique. Pour ce faire, l'équipe doit coopérer avec un suspect qui doit les aider à identifier les terroristes qui, grâce à des opérations de chirurgie esthétique, ont désormais un nouveau visage...
S01E15 - Dans la ligne de tir
John est mis en cause par une commission sénatoriale pour avoir agi et tué sans avoir eu suffisamment de preuves. Le reste de l'équipe enquête parallèlement pour l'innocenter et met progressivement à jour une affaire de pollution industrielle...
S01E16 - Les Démons du passé
Un terroriste pose une bombe qui cause la mort de 53 américains engagés dans la marine au Cambodge. Un informateur prévient la CIA des faits. Après cette tragédie, ce dernier prétend avoir de nouvelles informations concernant une prochaine attaque contre les intérêts américains puis disparaît sans laisser de trace, craignant pour sa vie. Une seule certitude : cet homme a grandi et vécu aux Etats-Unis avant d'être expulsé au Cambodge. Sa mère, en revanche, vit toujours aux USA. Mo, Kilmer et Lin partent pour le Cambodge afin de retrouver ce fameux informateur tandis que Frankie va interroger la mère de ce dernier...