L'équipage du Voyager fait un compromis avec les Borgs : une arme sera développée pour vaincre l'espèce 8472, à condition que le Voyager traverse leur territoire en toute sécurité.
S04E02 - Le cadeau
Ses pouvoirs de télékinésie progressent à tel point que Kes ne parvient plus à les contrôler. Afin d'éviter une catastrophe, elle doit alors quitter le vaisseau.
S04E03 - Le jour de l'honneur
Tandis que B'Elanna et Tom sont en exploration à l'extérieur du vaisseau, le Voyager est attaqué. B'Elanna et Tom partent alors à la dérive dans l'espace. Se croyant condamnée à mourir, B'Elanna avoue à Tom les sentiments qu'elle éprouve à son égard.
S04E04 - Nemesis
Chakotay se perd sur une planète. C'est alors qu'il y découvre deux espèces qui s'entretuent dans une guerre totale.
S04E05 - Révulsion
Seven et Harry unissent leurs compétences pour travailler dans le nouveau laboratoire. Durant son travail, Seven interprète le comportement de Harry comme une invitation. Parallèlement, lors d'une mission de sauvetage, Torres se retrouve piégé par un hologramme psychopathe.
S04E06 - L'U.S.S. Raven
Croyant être contactée par les Borgs, Seven quitte le Voyager. Plus tard, elle découvre les débris d'un vaisseau qu'elle a jadis connu. Cet événement fait ressurgir de mauvais souvenirs pour Seven, quant à son assimilation...
S04E07 - Cobayes
Le Voyager est envahi par une race d'aliens qui entreprend des expériences dangereuses. Par la suite, les membres de l'équipage souffrent de maladies des plus étranges. Seven semble être la seule à pouvoir les sauver...
S04E08 - L'Année de l'enfer - 1ère partie
Avec son vaisseau temporel, Krenim change le cours du temps. Cette rupture du continuum espace temps force l'équipage à évacuer le Voyager.
S04E09 - L'Année de l'enfer - 2ème partie
Afin de stopper Krenim, l'équipage du Voyager prend conscience qu'une aide lui serait précieuse. Cependant, aucun des membres du Voyager n'a réalisé l'importance de l'histoire elle-même.
S04E10 - Mauvaises pensées
Une étude est lancée sur une planète habitée par une espèce télépathique. Cette dernière condamne toutes les personnes ayant des pensées malsaines et des actions violentes. C'est alors que B'Elanna est arrêtée pour avoir exprimé un sentiment de vengeance...
S04E11 - Vols et survols
Une partie du matériel du Voyager a été dérobé par un transporteur. Kathryn Janeway et Tuvok se lancent alors à la poursuite des voleurs et tentent de découvrir leur lieu de résidence. Afin d'y parvenir, ils obtiennent l'aide de l'hologramme du mentor de Kathryn : Leonard de Vinci.
S04E12 - Au-delà des croyances
Lors d'une mission, Neelix est tué. Utilisant la technologie des Borgs, Seven fait revivre Neelix. Par la suite, ce dernier commence à douter des croyances spirituelles qui lui ont été inculquées, à savoir la vie après la mort...
S04E13 - Veillées
Le capitaine Janeway et son équipe sont attaqués par des aliens qui hantent les rêves des humains. Grand connaisseur de l'état de rêve, Chakotay fait tout son possible pour sauver le vaisseau et son équipage.
S04E14 - Bouteille à la mer
L'équipage du Voyager fait la découverte d'un relais de communication et tente de joindre le vaisseau Startfleet. Cependant cela échoue. La seule solution envisagée est d'utiliser Prometheus, un prototype aux capacités tactiques avancées, que les Romuliens sont très désireux d'examiner...
S04E15 - Les Chasseurs
Grâce aux relais de communication, le Startfleet envoie des messages au Voyager. Les membres de l'équipage reçoivent alors des nouvelles de leurs proches. Parallèlement, ces derniers vont rencontrer de nouveaux ennemis, les Hirogènes, des chasseurs dont ils sont la prochaine cible.
S04E16 - La Proie
Malgré lui, le vaisseau Voyager se retrouve au milieu d'un sombre jeu mortel, lancé entre Hirogène, un chasseur et sa proie.
S04E17 - Rétrospection
Seven cherche à améliorer le système du Voyager. Pour cela, elle se procure de nouvelles armes auprès d'un marchand, Kovin, et lui demande son aide pour l'installation de l'équipement. Plus tard, elle prétend que Kovin l'a agressée...
S04E18 - Le Jeu de la mort - 1ère partie
Le capitaine Janeway, Torres, Tuvok et Seven sont piégés dans un monde imaginaire qu'ils pensent être réel. Ces derniers deviennent alors membres de la résistance française durant la Seconde Guerre Mondiale. Afin de les aider à s'échapper de leurs rêves, le docteur tente de neutraliser les dispositifs.
S04E19 - Le jeux de la mort - 2ème partie
Soutenu par son équipe, le capitaine Janeway entreprend de vaincre les Hirogènes et de récupérer leur vaisseau.
S04E20 - Vis à Vis
Un alien, capable de permuter les corps, cherche à échapper à la justice. Il réclame alors de l'aide auprès de l'équipe du Voyager, mais celle-ci refuse. Bientôt, le fugitif prend possession du corps de Tom...
S04E21 - La directive Omega
Les membres de Voyager découvrent, à bord du vaisseau,une particule dangereuse et puissante: Oméga. Sur ordre du capitaine du Starfleet, la particule doit être détruite au plus vite...
S04E22 - Inoubliable
Une jeune femme, Kellin, demande asile à bord du Voyager. Par la suite, elle annonce qu'elle fut passagère sur ce vaisseau, un mois auparavant, et qu'elle est tombée amoureuse de Chakotay. Pourtant, ni lui, ni le reste de l'équipage ne se souviennent d'elle...
S04E23 - Le témoin
Le Docteur doit défendre l'équipage et rétablir la vérité et l'histoire lorsque, 700 dans le futur, une race extraterrestre affirme que le vaisseau de combat Voyager est à l'origine des crimes de guerre commis contre eux.
S04E24 - Duplications
Kim et Tom découvrent une planète ayant les réserves suffisantes pour réapprovisionner le Voyager. Equipés de leurs tenues d'exploration, ils se rendent sur place pour en récupérer. Bientôt, ces derniers sont retrouvés par leurs confrères, sans combinaison et incapable de supporter l'atmosphère du vaisseau...
S04E25 - Seul
Le Voyager rencontre une zone radioactive mortelle. Les membres contaminés sont placés dans une chambre de décontamination. Accompagné de Seven et du docteur, le capitaine Janeway tente de sauver le vaisseau. Bientôt, Seven est en proie à des hallucinations et doit faire face à ses craintes les plus profondes...
S04E26 - Espoir et peur
Un traducteur étranger, nommé Arturis, parvient à déchiffrer le message envoyé par le Starfleet, cinq mois auparavant. D'après la traduction d'Arturis, un nouveau vaisseau les attendrait. Il posséderait un moteur plus puissant et pourrait les ramener chez eux dans les trois mois...