Sam et Kovac déclarent à la police la disparition d'Alex et pensent qu'il est parti sur les traces de son père. Alex est diabétique et il n'a pas pris son insuline, ce qui rend Sam et Kovac encore plus inquiets. Du côté des urgences, Neela, Ray et Abby doivent faire face aux nouveaux internes dont ils ont la charge.
S12E02 - L'enfant de personne
Ray soigne Claire, une mère porteuse qui s'apprête à accoucher prématurément après avoir été victime d'un accident de la route. Claire refuse de subir une césarienne bien que le bébé soit en souffrance foetale, ce qui pousse les médecins à prendre une décision douloureuse. Pratt tente de faire abstraction du passé pour pouvoir construire une nouvelle vie avec celle qu'il aime, après avoir enfin rencontré son père qu'il ne connaissait pas...
S12E03 - L'homme sans nom
Neela prépare un colis pour Gallant. Luka Kovac tente de sauver ce qui reste de sa relation avec Sam. Mais celle-ci reste sur ses positions. Un nouveau poste est créé aux urgences, celui de directeur des soins. Et c'est une femme énergique, Eve Peyton, qui l'occupe. Elle prend bien vite conscience que les rapports que Sam et Luka entretiennent sont une entrave à leur travail. Au service d'oncologie, Abby aperçoit le docteur Dubenko en train de se faire ausculter.
S12E04 - A cause de la pluie
La ville de Chicago est sous la pluie. Les victimes d'accrochage et de carambolage envahissent le couloir des urgences. Eve tente d'imposer son organisation auprès de l'équipe des urgences. Ses méthodes hérissent Sam. Kerry est de retour aux urgences. Elle se heurte à Kovac sur la manière de prodiguer des soins à un bébé de trois mois, victime d'un accident de voiture. Une jeune femme, Blair Collins, dans le coma depuis six ans, se réveille dans une salle des urgences. Elle ne se souvient pas d'avoir eu un accident dans lequel sa mère est morte. Kovac ne sait comment lui apprendre la nouvelle. Abby interroge le docteur Dubenko sur sa présence au service d'oncologie. Il lui confie être atteinte d'un cancer de la prostate.
S12E05 - Réveil
Pratt est estomaqué par l'attitude du nouveau titulaire, Victor Clemente, qui se présente aux urgences en tant que patient pour tester les capacités des médecins. Une patiente atteinte d'un cancer du sein convainc Abby de faire sa première mammographie. Charlie Pratt, le père de Greg, de passage à Cook County, invite son fils à déjeuner et essaye de lui faire ouvrir les yeux sur le fait qu'il est maintenant devenu un père de famille responsable.
S12E06 - Trop tard
Ray Barnett a passé la nuit avec sa nouvelle conquête, Zoé Butler. Mais il déchante rapidement lorsqu'il apprend par Neela que celle-ci n'a que quatorze ans ! Ray rompt immédiatement avec elle. Clemente, Abby et Neela s'occupent secrètement d'un personnage hors du commun. Le petit frère de Greg Pratt, Chaz, vient aux urgences.
S12E07 - Bouclier humain
Les policiers interpellent Vincent Jansen, le kidnappeur d'une fillette de dix ans, Sydney Carlyle, sur le parking d'un restaurant. L'homme est un pervers sexuel et cela fait plusieurs mois qu'il a kidnappé sa proie dans un camping. L'affaire tourne mal. Jansen se sert de l'enfant comme bouclier. S'ensuit une fusillade dans laquelle Sydney est touchée par l'arme de son bourreau. Ce dernier est atteint par plusieurs balles. Mais, avant de tomber, il a eu le temps de blesser grièvement un policier.
S12E08 - Crash
Neela est de sortie avec les secouristes. Gates lui fait un véritable numéro de charme. Abby a passé la nuit avec Luka Kovac. La jeune femme est un peu gênée par ce qui s'est passé. Luka, lui, semble très heureux. Zoé rend visite à Ray au Cook County. Elle tente de renouer les liens avec le jeune médecin. Mais celui-ci la renvoie. Parallèlement, un avion de ligne rentre en collision avec un jet. Le choc pulvérise le jet mais l'avion, lui, s'écrase sur un groupe d'immeubles de la ville. C'est Pratt qui se rend sur le lieu du drame. Il est bientôt rejoint par Neela. Il y a quelques survivants. Le Cook County est en effervescence...
S12E09 - Une demande galante
Michael Gallant demande Neela en mariage et il veut se marier... le jour même ! Kovac et Clemente espèrent tous deux être nommés au poste de chef de service. Kerry Weaver leur demande, pour l'instant, de gérer conjointement le service et de rester courtois l'un envers l'autre. Voulant faire bonne impression, les deux hommes se perdent en conjecture pour ce qui concerne les soins à apporter aux malades. Par ailleurs, TJ est accusé d'avoir volé une caméra numérique dans le service chirurgie. Abby doit faire face à une mère séropositive, Patricia Kenig, qui a eu deux grossesses dans cet état. Kerry Weaver reprend du service aux urgences.
S12E10 - La veille de Noël
C'est la veille de Noël. Heureux d'avoir été nommé chef du service des urgences, Luka offre des cadeaux à tout son entourage professionnel. Abby et lui passent le soir du réveillon ensemble. Pratt s'occupe d'une petite patiente, Danielle, blessée par une balle perdue à l'abdomen. Le coeur de l'enfant s'arrête de battre. Le nouveau chef des internes en chirurgie, Jessica Albright, refuse qu'on la monte au bloc, considérant qu'il n'y a plus rien à faire. Steve a été transféré dans l'Illinois. Il informe Sam que les cadeaux qu'il a fait à Alex sont des biens volés. Clemente a la désagréable surprise de voir débarquer son ancienne maîtresse, Jodie Kenyon. Haleh est à la recherche d'un partenaire de chant pour la soirée de Noël. Elle fait passer des auditions au foyer. Ulcéré par un patient qui se moque de trois jeunes aveugles, Eve Peyton perd son calme et frappe celui-ci.
S12E11 - Maintenant ou jamais
Luka souhaiterait qu'Abby garde leur bébé. Mais la jeune femme porte encore les stigmates d'une enfance difficile due à une mère bipolaire. Elle ne peut s'empêcher de penser que celle-ci a transmis cette pathologie à son frère. Elle craint que son bébé hérite de ce mal. Abby a déjà fait une IVG et elle s'interroge sur une deuxième intervention de ce type. Finalement, elle prend rendez-vous avec l'obstétricienne, Janet Coburn, dans l'intention d'interrompre sa grossesse. Parallèlement, Neela prend en charge une adolescente de quinze ans, Amanda Ramsey, enceinte de sept semaines. Ses parents sont des catholiques pratiquants et ils ne souhaitent pas que leur fille avorte même après qu'elle leur a avoué avoir été violée lors d'une soirée. Ray Barnett demande un congé afin de partir à Los Angeles donner un concert avec son groupe. Kerry Weaver le pousse à démissionner...
S12E12 - L'heure des choix
Clemente ne s'est pas présenté à son poste. La direction n'arrive pas à le joindre. Dubenko le remplace au pied levé. Il se prend de compassion pour le mari d'une femme dans le coma depuis trois ans, à la suite d'hémorragie cérébrale. Il doit s'occuper d'une adolescente de quinze ans sévèrement battue par son père. Neela est heureuse. Sa demande de stage en chirurgie a été acceptée et elle a réussi à obtenir de la direction que Gallant réintègre le Cook County en deuxième année d'internat. Mais son bonheur est de courte durée...
S12E13 - Corps et âme
Un tétraplégique est retrouvé dans son fauteuil roulant sur la piste d'une patinoire. L'homme, Nat Lennox, grand professeur de biochimie, souffre d'une maladie dégénérescente. Il ne peut plus parler et s'exprime à l'aide d'un ordinateur relié à ses yeux. Le malade a à ses côtés son assistante, Fran. Celle-ci est à son service depuis vingt et un ans. Une tendre complicité les lie. Nat a fait plusieurs séjours au Cook County et a eu affaire aux différents internes. Abby a été son élève...
S12E14 - Être ou ne plus être
Avec la venue d'un visiteur inattendu, Clemente se retrouve au beau milieu d'une violente dispute familiale. Pendant que la police tente de rétablir l'ordre, Luka, Abby et Sam s'occupent d'une personne blessée par balle au cours de cette rixe. Luka et Abby attendent avec impatience des nouvelles concernant la naissance de leur futur bébé...
S12E15 - Darfour
Après son départ des urgences, le docteur Carter, assisté par le docteur Dakarai et une équipe de représentants d'un organisme humanitaire, se voue corps et âme au combat contre la famine au Darfour. A Chicago, Neela et Pratt soignent un patient, victime d'un accident avec délit de fuite. Luka et Kerry n'arrivent pas à se mettre d'accord sur les démarches à suivre concernant le cas de Clemente...
S12E16 - Risques calculés
Kerry Weaver ne cesse de repousser son intervention chirurgicale. Mais ses souffrances augmentant de jour en jour, elle accepte finalement de monter au bloc. Quant à Pratt, il finit par avouer à Luka avoir falsifié un rapport de police pour protéger son ami Darnell, ce qui pourrait lui coûter sa licence de médecin... Deux jeunes filles arrivent aux urgences suite à un accident de voiture. Abby s'aperçoit qu'elles sont contaminées par une bactérie très dangereuse...
S12E17 - Perdus en Amérique
Neela doit intervenir lors d'une conférence de traumatologie sur les bienfaits de la ceinture de sécurité. Elle est très nerveuse, aussi Ray tente-t-il de la rassurer. Kovac souhaite que son enfant soit baptisé. Or Abby y est opposée. Clemente est déclaré apte au service, bien qu'il soit placé en résidence surveillée. Il apporte un soutien à Kovac pour soigner une étudiante en journalisme d'origine turque retrouvée blessée par de multiples coups de couteau.
S12E18 - La vie à deux
Les beaux-parents de Neela, Gloria et James Gallant, sont en ville. Elle doit les accompagner à un mariage. Le couple ne cesse de se disputer. James Gallant informe sa belle-fille que sa femme et lui vont se séparer et qu'ils comptent l'annoncer après le mariage. Michael n'a pas encore été mis au courant. Gloria confie à Neela avoir la sensation d'avoir mis sa vie entre parenthèse pour permettre à son mari de mener à bien sa carrière.
S12E19 - Où se cacher ?
Bobby, le mari de Jodie, a entrepris de harceler le docteur Clemente. Il lui envoie une lettre contenant des poissons rouges morts. Et ne cesse de le menacer par téléphone. Cette pression constante ne fait que renforcer le docteur Clemente dans sa paranoïa. Il se sent constamment observé et commet des erreurs de jugements dans ses diagnostics...
S12E20 - Il n'y a pas d'anges ici
La femme d'Ishaak, un blessé par balle amené au camp, s'y présente. Elle est enceinte et affirme que son mari n'est pas un criminel. Les policiers ne voulaient pas qu'ils parviennent à son village pour raconter aux villageois ce dont il a été témoin. Submergée par l'émotion, la jeune femme a ses premières contractions. Dakarai, Carter et Debbie décident de la sortir du camp pour la cacher dans leur maison.
S12E21 - Gallant le héros, Victor l'hystéro
A vingt cinq kilomètres de Mossul (Irak), le convoi dans lequel se trouve Michael Gallant est pris sous les feux des tirs ennemis. Le jeune médecin décède dans l'explosion de son camion. Deux militaires viennent annoncer la triste nouvelle à Neela au Cook County.
S12E22 - Fusillade
Une cérémonie militaire est organisée en l'honneur de Michael Gallant. Pratt se rend chez Neela pour la convaincre d'assister à la cérémonie du souvenir. Neela en veut au colonel Gallant qui, selon elle, est à l'origine du départ de son mari pour l'Irak. Après la cérémonie, elle dit à son beau-père que son mari aurait dû être aux côtés des gens qui l'aimaient et lui remet les décorations de Michael. Une stagiaire ambulancière, Marie Warner, arrive aux urgences. Peu après son arrivée, deux prisonniers, dont Steve Curtis, sont amenés. Les deux hommes se sont battus. La cicatrice de Steve s'est rouverte (il vient d'être opéré d'une appendicite) et l'autre prisonnier, Rafe Hendricks, semble souffrir d'un traumatisme crânien...