Le Voyager reçoit un appel de détresse de Seska qui affirme que Culluh a l'intention de lui enlever son enfant, dont Chakotay serait le père. Bien que sceptique, ce dernier ne veut pas prendre de risques. Janeway donne son feu vert pour aller dans l'espace des Kazons.
S03E02 - Flashback
Tuvok doit faire face à un souvenir réprimé qui remi=ont à la surface de sa mémoire. Pour survivre, il doit pratiquer une fusion mentale avec le capitaine Janeway, ce qui le ramène sur l'Excelsior, alors qu'il n'était qu'un jeune officier sous les ordres du Capitaine Sulu...
S03E03 - Géhenne
Accusés d'avoir fomenté un attentat terroriste, Tom Paris et Harry Kim sont enfermés dans une prison akritienne. Leur capitaine tente de prouver leur innocence...
S03E04 - L'Essaim
Sur sa route, Voyager doit traverser une région habitée par une mystérieuse race extraterrestre qu'il faudrait plus de 15 mois pour contourner. Après avoir franchi la frontière, un bataillon de vaisseaux hostiles s'approche de Voyager menaçant de le détruire...
S03E05 - Faux profits
L'équipage de Voyager débarque sur une planète et découvre deux Ferengis se faisant passer pour des Dieux devant un peuple à l'âge de bronze. Ils seraient arrivés par biais du Vortex
S03E06 - Devoir de mémoire
Alors que des Enarans, un peuple de télépathes, sont à bord du Voyager, B'Elanna faire des rêves racontant l'histoire d'une femme et de son petit ami qui s'aimaient à une époque trouble au niveau social et politique de ce peuple.
S03E07 - Rite sacré
Sur la planète des Nechanis, Kes pénètre dans un lieu sacré et est mortellement blessée par une force mystérieuse. Les Nechanis expliquent à Janeway qu'il s'agit d'une punition divine car Kes a violé un lieu culte. Neelix part à la recherche du sanctuaire et des rituels qui s'y pratiquent. Pendant ce temps, Janeway s'engage à subir un rite de passage afin d'obtenir le pardon des esprits et de redonner vie à Kes
S03E08 - Un futur en danger - 1ère partie
Voyager se retrouve confronté à un vaisseau de la Fédération du 29ème siècle qui l'accuse d'être responsable de la destruction du système solaire terrien. Au cours du combat, les deux navires sont projetés dans le passé, à Los Angeles en 1996. Et pour sauver l'avenir, l'équipage de Voyager devra mettre la main sur Henry Starling, un spécialiste en informatique...
S03E09 - Un futur en danger - 2ème partie
Alors qu'ils tentent de porter secours à Tuvok et Tom, B'Elanna et Chakotay s'écrasent et sont capturés par des trafiquants d'armes qui croient qu'ils sont tous deux des agents du gouvernement. Dans le même temps, le reste de l'équipage se bat pour rétablir la chronologie temporelle...
S03E10 - Le Seigneur de la guerre
Trois membres de l'équipage d'un vaisseau Ilari en perdition sont sauvés par Voyager. Cependant, peu après, l'un d'entre eux meurt. Et, bientôt, Kes se comporte de manière étrange, vole une navette pour retourner sur la planète des aliens et prépare un coup d'état
S03E11 - Q-uerelle de succession
Alors que Voyager rencontre plusieurs explosions de Supernova, Q apparaît sur le pont du vaisseau et annonce au capitaine Janeway qu'il veut qu'elle soit la mère de son enfant afin de donner un nouvel élan à son peuple, divisé depuis la guerre civile au sein du Q-Continuum. La situation se complique avec l'arrivée d'une femme Q jalouse
S03E12 - Macrovirus
De retour d'une mission diplomatique, Janeway et Neelix retrouvent Voyager entièrement désert. Ils découvrent bientôt que le navire est infesté par un virus géant qui a paralysé l'équipage. Neelix est atteint à son tour
S03E13 - Un marché honnête
Arrivant dans une région de l'espace qu'il ne connait pas, Neelix, de peur de se faire débarquer du Voyager, cherche à se procurer des cartes par tous les moyens et se retrouve impliquer par un de ses anciens amis, Wixiban, dans un trafic de substances illicites
S03E14 - Alter ego
Harry demande à Tuvok de lui apprendre à contrôler ses émotions lorsqu'il tombe amoureux d'un personnage du Holodeck. Mais il devient vite jaloux lorsqu'il découvre ce dernier en compagnie du personnage qui semble tenter de le séduire...
S03E15 - Coda
Une navette transportant Chakotay et Janeway s'écrase sur une planète inconnue. L'événement se reproduit plusieurs fois. La première : seule Janeway est grièvement blessée; la seconde : ils sont attaqués par des Vidiians. Et la troisième fois, l'esprit du père de Janeway apparaît au capitaine pour lui annoncer une mauvaise nouvelle
S03E16 - La Fièvre dans le sang
L'enseigne Vorik entre dans le cycle du Pon Farr et doit absolument se trouver une femme. Il jette son dévolu sur B'Elanna Torres qu'il tente de séduire par contact télépathique forcé. Parallèlement, Voyager est placé en orbite afin de récupérer une substance présente dans les grottes d'une planète. Peu après, Janeway découvre le cadavre d'un Borg dans une des excavations
S03E17 - Le Collectif
Lors d'une mission sur une planète habitée par des colons en guerre, Chakotay est recueilli par un groupe mené par une humaine, Riley, qui lui explique qu'elle veut réunifier les colons dans un nouveau collectif semblable à celui des Borgs
S03E18 - L'Ennemi intérieur
Le Docteur a décidé d'intégrer des éléments psychologiques des plus grandes personnalités de l'Histoire (de la galaxie) mais cela tourne mal lorsque une deuxième personnalité issue de son "côté obscur" émerge et prend le dessus. Kes demande à quitter le Voyager lorsqu'elle croise une race explorant l'univers.
S03E19 - Défiance mortelle
En détruisant un astéroïde qui menaçait une planète habitée par les Nezus, Voyager provoque de terribles tempêtes de sable. Neelix et Tuvok sont dépêchés pour aider les colons à partir. Cependant, leur navette s'écrase
S03E20 - Le Fils préféré
Harry Kim expérimente une bizarre impression de déjà-vu dans une partie de l'espace qui lui est inconnue. Il apprend peu après qu'il n'est pas humain mais qu'il est originaire de cette région
S03E21 - Décalage temporel
Alors que Kes vit ses derniers instants, elle se retrouve propulsée à différents moments de son existence...
S03E22 - La vraie vie
Alors que l'équipage de Voyager se concentre sur un phénomène de tornades spatiales, le docteur a décidé de créer une famille holographique. Insatisfaite par le perfectionnisme du docteur, B'Elanna lui propose d'introduire des données aléatoires dans le programme.
S03E23 - Chaînon manquant
Le scientifique Voth cherche à prouver que sa race aurait pour origine la Terre et qu'elle aurait migré vers le Quadrant Delta des millions d'années plus tôt. Son gouvernement n'est pas prêt à accepter ses conclusions. Il envoie donc son assistant Veer à la recherche du mystérieux USS Voyager dont il a entendu parler...
S03E24 - Scénario catastrophe
Une mutinerie semble avoir éclaté à bord du Voyager entre les membres de Starfleet et ceux du Maquis. La situation empire et Torres se décide alors à arrêter la simulation. Cependant, Paris et Torres se retrouvent prisonniers de la simulation.
S03E25 - L'échange
Les membres de l'équipage se volatilisent les uns après les autres, remplacés par des Nyrians qui ne semblent pas comprendre ce qui leur arrive. Les disparitions se poursuivent et, soudain, les Nyrians s'emparent du Voyager...
S03E26 - Scorpion - 1ère partie
Avec beaucoup d'appréhension, le vaisseau Voyager pénètre sur le territoire Borg pour découvrir qu'il existe une menace encore plus importante que les Borgs eux-mêmes...