Né à Lille, Gilles Béhat y fait ses études secondaires avant de suivre les cours du Conservatoire d'art dramatique. En 1972, il commence une carrière d'acteur au cinéma et à la télévision : Elle court, elle court la banlieue de Gérard Pirès lui offre son premier rôle dans un long métrage, tandis qu'il interprète Charles IV le Bel dans la série télévisée à succès Les Rois Maudits.

L'année suivante, il se met en scène dans son premier court métrage, Demain matin. Il réalise ensuite La Couleur de la mer, son second court métrage, tout en poursuivant en parallèle sa carrière d'acteur sous la direction de Jean Yanne ou encore de Christian-Jaque. En 1976, il écrit et réalise Haro, son premier long métrage et point de départ d'une longue série de films sur lesquels il endosse la double casquette de scénariste et de réalisateur. Il dirigera notamment Richard Berry dans Putain d'histoire d'amour (1980), Bernard Giraudeau dans sa Rue Barbare (1983) et même Alain Delon et Claude Brasseur dans Dancing machine en 1990.

Gilles Béhat se charge ensuite dans les années 1990 de la réalisation de nombreux téléfilms poilciers pour la chaîne TF1 comme Julie Lescaut, Commissaire Moulin ou Navarro. S'il signe le scénario de Grand Nord en 1996, ce n'est qu'en 2009, avec le polar Diamant 13, qu'il renoue avec la réalisation cinématographique.