Au XVIIe siècle, un navigateur anglais, John Blackthorne, dérive et échoue sur les plages japonnaises. Le britannique devient le protégé du seigneur Toranaga mais très vite et malgré lui, il se retrouve impliqué au coeur d'intrigues politiques...
XVIIème siècle, deux prêtres jésuites se rendent au Japon pour retrouver leur mentor, le père Ferreira, disparu alors qu’il tentait de répandre les enseignements du catholicisme.
Au Japon, au 19e siècle, Zatoichi, voyageur aveugle mais aussi redoutable combattant, découvre une petite ville où Ginzo, le chef d'un gang, fait régner la terreur. Quand ses hommes de main croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable...
Au cœur du Japon, Yusuke convie sa compagne Mizuki à un périple à travers les villages et les rizières. A la rencontre de ceux qu'il a croisés sur sa route depuis ces trois dernières années, depuis ce moment où il s'est noyé en mer, depuis ce jour où il est mort. Pourquoi être revenu ?
Les Haruno habitent une petite ville de montagne près de Tokyo. Sachiko cherche à faire disparaître son double géant. Hajime, son frère, vit son premier amour. La mère fait un retour remarqué dans le monde du film d'animation...
Dans les années 70, armé de son appareil Nikon, le photographe de guerre, W. Eugene Smith, part au Japon à Minamata. Il va photographier la population victime de la "maladie de Minamata". Il va suivre les effets de la pollution industrielle, par la firme Chisso, sur les habitants.
Kenji est un bibliothécaire japonais, neurasthénique et mystérieux vivant à Bangkok. Après avoir tué un yakuza, il rencontre une jeune Thaïlandaise qui vient de commettre un assassinat. Tous les deux vont se cacher ensemble, apprenant à se connaître.
Dans une discrète banlieue japonaise, Toshio et sa femme Akié mènent une vie en apparence paisible avec leur fille. Un matin, un ancien ami de Toshio se présente à son atelier, après une décennie en prison. A la surprise d'Akié, Toshio lui offre emploi et logis.
Dans le Japon d'après-guerre, un soldat américain prisonnier s’intègre dans l'univers obscur des yakuzas, et rembourse sa liberté en adoptant leur mode de vie.
Un perfide seigneur de guerre ayant tué leur maître et banni leur tribu, 47 samouraïs errants jurent de se venger et de restaurer l'honneur de leurs compatriotes. Arrachés à leurs foyers et perdus aux quatre coins des terres connues, cette poignée de rebelles se voit contrainte de recourir à l'aide de Kai...
Kyoto, printemps 1865. Au temple Nishi-Honganji, la milice du Shinsengumi selectionne de nouvelles recrues en presence du commandant Isami Kondo et du capitaine Toshizo Hijikata. Les candidats doivent affronter le meilleur guerrier de la milice, Soji Okita. Ce jour-la, deux hommes se detachent du lot et integrent la milice: Hyozo Tashiro, samourai ...
Yoko revient d'un séjour à Taïwan et reprend contact avec son vrai père et sa nouvelle épouse. Elle leur annonce qu'elle est enceinte d'un Taïwanais et qu'elle souhaite garder l'enfant pour l'élever seule. Son père et sa belle-mère semblent inquiets.
Une centaine de membres de la secte "L'Arche de vérité" sont retrouvés morts. Trois ans après, quatre amis qui ont perdu un proche lors de ce drame retournent sur les lieux du massacre pour se souvenir. La journée prend une dimension étrange lorsque le groupe rencontre un homme qui était avec les assassins peu avant leur passage à l'acte.