Après dix ans d'absence, Khalil retourne au Liban à la fin des années quatre-vingt. Son retour à Beyrouth sème l'émoi, le doute et la colère chez sa famille, ses amis et ses compagnons de lutte. Ce retour provoque également une réflexion sur la vie, la guerre, la mort, l'identité.
À l'intérieur d'un tribunal, Zain, un garçon de 12 ans, est présenté devant le juge. À la question : " Pourquoi attaquez-vous vos parents en justice ? ", Zain lui répond : " Pour m'avoir donné la vie ! ". Capharnaüm retrace l'incroyable parcours de cet enfant en quête d'identité et qui se rebelle contre la vie qu'on cherche à lui imposer.
"À partir du mois de septembre l'année dernière, je n'ai plus rien fait d'autre qu'attendre un homme : qu'il me téléphone et qu'il vienne chez moi. Tout de lui m'a été précieux, ses yeux, sa bouche, son sexe, ses souvenirs d’enfant, sa voix..."
Dans un restaurant de Tel-Aviv, une femme fait exploser une bombe. Toute la journée, le docteur Amine, israélien d'origine arabe, opère les nombreuses victimes de l'attentat. Au milieu de la nuit, on le rappelle d'urgence pour lui annoncer que la kamikaze est sa propre femme.
Sur l’île fictionnelle d’Orphalese, Almitra, une petite fille de huit ans, rencontre Mustafa, prisonnier politique assigné à résidence. Contre toute attente, cette rencontre se transforme en amitié. Ce même jour, les autorités apprennent à Mustafa sa libération.
A Beyrouth, de nos jours, une insulte qui dégénère conduit Toni (chrétien libanais) et Yasser (réfugié palestinien) devant les tribunaux. De blessures secrètes en révélations, l'affrontement des avocats porte le Liban au bord de l'explosion sociale mais oblige ces deux hommes à se regarder en face.
Fin du XVIIIème siècle, dans une colonie d’Amérique latine, le juge don Diego de Zama espère une lettre du vice roi du Río de la Plata signifant sa mutation pour Buenos Aires. Souffrant de l’éloignement et du manque de reconnaissance, il perd patience et, pour se libérer de son attente, se lance à la poursuite d’un mystérieux bandit.
Au Liban, dans un village isolé, cerné par des mines, les femmes chrétiennes et musulmanes complotent pour empêcher les hommes de se battre. Jusqu’au jour où un drame surgit…
Lors d'une fête étudiante, Mariam, croise le regard de Youssef. Quelques heures plus tard, Mariam, erre dans la rue en état de choc. Commence pour elle une longue nuit durant laquelle elle va devoir lutter pour le respect de ses droits et sa dignité. Mais comment peut-on obtenir justice quand celle-ci se trouve du côté des bourreaux ?
Farès et Meriem forment avec Aziz, leur fils de 9 ans, une famille tunisienne moderne issue d’un milieu privilégié. Lors d’une virée dans le sud de la Tunisie, leur voiture est prise pour cible par un groupe terroriste et le jeune garçon est grièvement blessé..
A Beyrouth, cinq femmes se croisent régulièrement dans un institut de beauté, microcosme coloré où plusieurs générations se rencontrent, se parlent et se confient. Au salon, les hommes, le sexe et la maternité sont au coeur de leurs conversations.
Liban, dans un futur proche. Soraya et Walid se sont construits une vie idyllique dans les montagnes, loin du désordre et de la pollution de Beyrouth. La vie paisible de la famille est brutalement remise en question par l’installation d’une décharge prétendument écologique.
Liban, été 1958. Trois sœurs de la bonne société chrétienne sont en villégiature dans la montagne libanaise. La vie tranquille du village est bousculée par les échos d'une révolution grondant à Beyrouth et par l’arrivée de deux estivants français. Mais c'est de l'intérieur de la famille que viendra le bouleversement.
A Beyrouth, des trentenaires voient leurs destins se croiser. Parmi eux figurent Haïdar, un animateur radio solitaire et effacé, Nadim, un architecte idéaliste, Soraya, une guide touristique, ou encore Tarek, un ami de retour d'exil.
Montréal, le jour de Noël, Maia et sa fille, Alex, reçoivent un mystérieux colis en provenance de Beyrouth. Ce sont des cahiers, des cassettes et des photographies, toute une correspondance, que Maia, de 13 à 18 ans, a envoyé de Beyrouth à sa meilleure amie partie à Paris pour fuir la guerre civile.