Avec Les Fautes d'orthographe, le réalisateur Jean-Jacques Zilbermann a souhaité faire un film mettant en scène des enfants -un rêve de longue date-, mais du point de vue d'un enfant. Il explique : "Je voulais raconter ce qui se passe dans les cours de récréation, raconter les drames qui s'y déroulent tous les jours sans que, bien souvent, les adultes en prennent conscience ou les considèrent comme vraiment important."
Avec Les Fautes d'orthographe, Jean-Jacques Zilbermann s'ofre la possibillité de se remémorer la période durant laquelle il était pensionnaire de collège. Un moment de la vie qu'il considère comme le passage de l'enfance à l'âge adulte. Il explique : "Dans cet univers fermé qu'était le Collège Adolphe-Chérioux, je suis moi-même passé de l'enfance à l'âge adulte de manière très dure et très violente. Dans ce pensionnat, j'avais d'énormes problèmes d'orthographe, et les plus grandes difficultés à vivre sans la moindre intimité, j'y ai créé une coopérative. Et c'est en grande partie grâce à cette coopérative que je suis finalement parvenu à relever la tête, à m'en sortir sans trop de dommages."
Le jeune Damien Jouillerot fut choisi par Jean-Jacques Zilbermann après un casting au long cours. Durant la phase finale de cette sélection, le jeune comédien se retrouva en compétition avec son meilleur ami. Celui-ci séduisait le réalisateur par son physique, alors que Damien était plus convaincant avec ce qu'il avait dans la tête et ce qu'il dégageait. Jean-Jacques Zilbermann lança alors un ultimatum à Damien Jouillerot pour qu'il obtienne le rôle : maigrir. Le jeune homme, qui pesait 90 kios à l'époque, releva le défi en perdant pas moins de trente kilos et fut finalement retenu.
S'il déclare au final que son film ne ressemble à aucun autre, le réalisateur Jean-Jacques Zilbermann avait au moment de l'écriture plusieurs références en tête parmi lesquelles Zero de conduite, L'Ecole buissonnière, Les Disparus de Saint-Agil, Les 400 coups et La Guerre des boutons.
Le dortoir N°6 du collège Adolphe-Chérioux, dans lequel le réalisateur Jean-Jacques Zilbermann a dormi enfant (il était pensionnaire de l'établissement de la 6e à la 3e) et a ensuite filmé une partie de son film, est le même dortoir utilisé par Yves Robert dans la dernière scène de La Guerre des boutons.