Le producteur Dylan Sellers soumit le projet Cody Banks : agent secret à la MGM qui donna son accord et incita ce dernier à conclure rapidement, de manière à disposer de Frankie Muniz entre deux saisons de Malcom, la série télévisée produite par les fameux studios.
Réalisé à Vancouver en juin-juillet 2002, Cody Banks : agent secret a été tourné en seulement 52 jours.
Pour les scènes d'action, Frankie Muniz s'entraîna d'abord à Los Angeles avec le coach de la trilogie Karaté kid puis à Vancouver avec des vétérans des studios de Hong Kong. Le producteur David Nicksay confie : "J'ai découvert avec plaisir qu'il avait d'excellentes dispositions physiques : sens de l'équilibre, dextérité, capacités athlétiques. Il a rapidement amélioré son niveau, perfectionné sa technique de skateboard, appris la voltige, le karaté et est ainsi devenu un véritable petit agent secret".
Le chef décorateur Rusty Smith conçut, en étroite collaboration avec Harald Zwart, des décors d'inspiration futuriste qui constituent également un hommage aux anciens James Bond et aux classiques de la science-fiction.
Rusty Smith explique : "Harald ne souhaitait pas un look 100 % contemporain. Il tenait à introduire une petite touche rétro. Le challenge consistait à mixer ces deux inspirations, à restituer sa modernité au look linéaire et dépouillé d'antan."
Outre les clins d'oeil à Goldfinger, Moonraker et Docteur Folamour, les initiés pourront repérer dans l'univers singulier de Cody Banks des références à 2001 : l'odyssée de l'espace, La Guerre des étoiles, Barbarella et Abattoir 5.
Sitôt engagé sur le film, Harald Zwart se constitua une vaste banque d'images et de concepts, s'informa des dernières découvertes techniques, trouva des astuces pour modifier des gadgets existants ou inventa lui-même des accessoires de rêve comme la jet board.
C'est à la demande pressante de sa fille de huit ans que le producteur Dylan Sellers contacta Hilary Duff, vedette de la série Lizzie McGuire, pour le rôle de la jeune coéquipière de Cody : "Ma fille m'a dit : "Papa, tu dois prendre Lizzie, elle sera parfaite." En signe de reconnaissance, Dylan Sellers attribua au personnage le prénom de sa fille : Natalie.