Le Capitaine Volkonogov s’est échappé est né des craintes et des appréhensions des réalisateurs. Natalya Merkulova précise : "la source [d'inspiration] a été notre peur de la violence et de l’agressivité – qui sont hélas des aspects fondamentaux de notre monde, au passé comme au présent."
Natalya Merkulova et Aleksey Chupov travaillent en duo. La première est la réalisatrice principale et le second est le scénariste principal. "L’entrecroisement de nos visions est ce qui fait marcher notre tandem", affirme Tchoupov.
Le Capitaine Volkonogov est un personnage contradictoire, capable de cruauté mais pas dépourvu d'humanité. Pour les réalisateurs, c'était un défi de mettre en scène un anti-héros, qui parvienne toutefois à embarquer le spectateur. Natalya Merkulova et Aleksey Chupov sont passés par 27 versions du scénario avant de trouver le bon équilibre. "Nous avons beaucoup aimé l’idée qu’en cet homme, deux puissantes forces se livraient bataille : son instinct de survie et l’élévation de son âme."
Le film a pour toile de fond la Grande Terreur, "le plus grand massacre d'État jamais perpétré en Europe en temps de paix" selon l'historien Nicolas Werth. Elle a duré seize mois, d’août 1937 à novembre 1938, et a résulté à l'arrestation d'un million et demi de personnes, parmi lesquelles 750 000 sont exécutées. Pour autant, les réalisateurs ne voulaient pas faire un drame historique mais plutôt "une parabole fantasmagorique située dans un contexte particulier de l’histoire, dans les années 30. Nous qualifions cette approche de « rétro-utopie »."
En raison de son sujet, le film n'est pas sorti en Russie et les réalisateurs ont été contraints de s'exiler dans un autre pays.