Yvan Attal a eu envie de faire ce film dont le sujet est "l'antisémitisme, pas les juifs", selon son réalisateur, après les attentats meurtriers commis par Mohamed Merah à Toulouse en 2012. Cela lui trottait tout de même dans la tête depuis un long moment, bien avant l'affaire Ilan Halimi de 2006 : "On ne choisit pas son sujet c’est lui qui vous choisit. Il s’est imposé à moi malheureusement quelques années plus tard. Avec Mérah et Halimi... Avant Janvier 2015. La colère est montée. Celle de ne pas être assez entendu, celle de ne pas se sentir un Français comme les autres. Donc j’ai eu envie d’en parler, mais la parole je ne pouvais la prendre qu’au cinéma. Il était temps à 50 ans de faire un film pour parler de quelque chose qui me tenait réellement à coeur !"
C'est le producteur Thomas Langmann qui a proposé à Yvan Attal de faire un film avec lui ; ce dernier a alors sauté sur l'occasion pour lui parler de Ils sont partout, un film "un peu particulier" selon le cinéaste. Le sujet n'a pas fait peur à Langmann, donnant carte blanche au metteur en scène. Attal s'est ensuite attelé à écrire le scénario avec Emilie Frèche, déjà responsable du scénario de 24 jours d'Alexandre Arcady, le film retraçant l'affaire Ilan Halimi : "Emilie Frèche s’est imposée. Elle avait déjà beaucoup travaillé sur le sujet. On a écrit ce scénario et puis tout d’un coup est arrivé la tragédie de Charlie Hebdo et l’hyper cacher. Le scénario était déjà dans les chaînes en lecture. Le jour où je suis arrivé chez France 2 pour défendre le projet, il y avait dans le bureau une télé avec la prise d’otages en direct de l’hyper cacher... Mais mon film n’est pas du tout un film d’actualité mais un film de société. Il parle du malaise que je ressens en tant que juif, dans mon pays, la France", confie le réalisateur.
Ils sont partout est ce qu'on appelle un film à sketches. L'intrigue est reliée par un fil rouge, celui du personnage d'Yvan confiant ses angoisses à son psy, notamment son obsession, celle de se sentir persécuté en tant que juif : "Les sketches sont là pour démonter de façon comique ces clichés antisémites mais je cherchais aussi un moyen de replacer le film dans un contexte social justement, plus réaliste de la France d’aujourd’hui et de raconter le rapport forcément passionnel que les juifs entretiennent avec l’antisémitisme. (...) Le choix des sketches s’est imposé, car d’un point de vue dramaturgique, il n’était pas possible, dans une même histoire, d’aborder tous les préjugés sur lesquels se fonde l’antisémitisme. A la fois trop nombreux et trop disparates, ils méritaient chacun d’être illustré – et démonté – dans une histoire propre", explique Yvan Attal.
Pour Yvan Attal, il est très important de parler de la montée de l'antisémitisme et ne pas laisser ce sujet devenir tabou dans la société. En parler est une solution pour commencer à l'enrayer : "La haine anti-juive a ces dernières années violemment refait surface en France comme dans d’autres pays d’Europe, plus personne ne peut le nier. On tue aujourd’hui en France des gens parce qu’ils sont juifs ! On préfère être dans le déni ? Ne pas vouloir en parler est presque pire... (...) « Mal nommer les choses, disait Camus, c’est ajouter au malheur du monde. » Eh bien, je crois comme Camus. Je crois qu’il faut continuer à dire les choses, à les répéter inlassablement, surtout en ces temps où on veut moins les entendre – voilà pourquoi ce projet me tient tant à coeur, pourquoi il devenait nécessaire pour moi de faire ce film. Je n’ai pas l’espoir de faire changer l’avis des antisémites – mais je me dis en revanche que si je pouvais faire réfléchir les nouvelles générations ça serait déjà énorme".
Pour interpréter les différents personnages de son film, Yvan Attal a fait appel à de nombreuses stars comme Benoît Poelvoorde, Valérie Bonneton, Dany Boon, Charlotte Gainsbourg, Grégory Gadebois, Denis Podalydès, Gilles Lellouche et François Damiens : "Je les remercie, pour leur participation, leur engagement et leur créativité. J’ai été frustré de ne tourner que quelques jours avec chacun d’entre eux. Mais la tristesse d’en voir partir un était apaisée par l’arrivée d’un nouveau ! C’est l’avantage d’un film à sketches, on peut d’un coup, sur un seul film rencontrer et travailler avec tous les acteurs qu’on aime. Il y en a quelques autres évidemment, comme il y avait d’autres clichés à traiter", confie le cinéaste.
Gilles Lellouche, qui incarne Jésus dans un sketch d'Ils sont partout, a déjà joué dans un film de ce genre en 2012, Les Infidèles, aux côtés de Jean Dujardin. Il en a même mis en scène un segment.