13 Hours marque le troisième film réalisé par Michael Bay qui retranscrit un évènement qui est réellement arrivé. Le premier était Pearl Harbour, centré sur la terrible attaque japonaise contre les Etats-Unis en 1941 et le deuxième était No Pain No Gain, qui racontait l'incroyable histoire de trois kidnappeurs amateurs qui, à la recherche d’une vie meilleure, se retrouvent embarqués dans une série d’actes criminels…
Les comédiens John Krasinski et David Denman ont tous les deux joué un personnage amoureux de celui tenu par Jenna Fischer dans la série à succès The Office. David Costabile a lui aussi joué dans la série.
13 Hours se centre sur les événements survenus le 11 septembre 2012 dans la ville libyenne de Benghazi où six opérateurs de sécurité ont lutté pendant 13 heures contre des terroristes qui ont attaqué un camp des Missions Spéciales de l'Armée Américaine et une agence de la CIA voisine. Le film est l'adaptation du livre du professeur et journaliste Mitchell Zuckoff qui retranscrit cette attaque.
Le budget de 13 Hours est estimé à 50 millions de dollars, ce qui est peu pour un film mis en scène par Michael Bay. A titre de comparaison, son précédent long métrage Transformers : l'âge de l'extinction avait été produit pour 210 millions de dollars. Le budget de ce nouveau film se rapproche donc plus de celui de No Pain No Gain, qui n'avait coûté "que" 26 millions de dollars.
Mark Wahlberg était à l'origine le premier choix pour interpréter Tyrone "Rone" Woods (James Badge Dale) mais il fut contraint de décliner la proposition pour cause de problèmes d'emplois du temps. Si la comédien avait été de la partie, il aurait joué pour la troisième fois sous la direction de Michael Bay avant Transformers 5.
Après le refus de Mark Wahlberg, Michael Bay a fait le choix d'acteurs peu connus du grand public (John Krasinski, James Badge Dale, Max Martini...) pour ne pas faire ombrage à l'intrigue et ainsi accentuer le côté réaliste du film.
Michael Bay a tourné le film sur l'île de Malte à partir du 27 avril 2015 avec une équipe technique qu'il ne connaissait pas.
Après avoir vu le film début 2016, le célèbre réalisateur de L'Exorciste et French Connection William Friedkin a tweeté la phrase suivante : "13 Hours est un film puissant qui soulève d'importantes questions auxquelles il est nécessaire de répondre."
A noter la présence de la Française Alexia Barlier dans le premier rôle féminin du film (un agent de la CIA, une femme de caractère, courageuse et déterminée), connue des téléspectateurs pour son rôle d'Eva Blum dans la série Falco. Elle se rappelle du tournage avec Michael Bay :
"Il a une façon de travailler tellement particulière et déstabilisante qu'il faut du temps pour s'adapter à sa façon de gérer le plateau. Il crée dans le "chaos", il n'y a que lui qui sait vraiment ce qu'il se passe. La seule option pour les acteurs est de lui faire confiance et d'être disponibles. Il faut être prêt à tourner n'importe quoi et n'importe quand. C'était un tournage éprouvant mais c'était terriblement enivrant comme aventure."
Dans une interview qu'il a donnée pour AlloCiné, Michael Bay a expliqué à quel point les recherches qu'il a faites pour coller au maximum à cette histoire vraie ont été longues. Pendant un an, le metteur en scène a ainsi passé beaucoup de temps au siège de la CIA pour se documenter et y a rencontré des gens qui ont travaillé avec les forces spéciales. Sur le plateau, des conseillers de la CIA et des conseillers militaires étaient présents.