Avant de tourner Intersections, le cinéaste David Marconi a souhaité se rendre sur place au Maroc pour un séjour en pleine immersion : "J’ai séjourné dans de petites casbahs, dans le désert, afin de trouver l’histoire. Quand on est écrivain et qu’on passe du temps dans les endroits sur lesquels on écrit, on absorbe les choses. La culture, l’environnement, les coutumes des locaux", explique-t-il. Marconi aime particulièrement ce travail de recherche, comme il l'avait fait avec The Harvest (1993), tourné au Mexique et entièrement en extérieurs.
Si Intersections n'est pas le premier long métrage de David Marconi, il signe son retour à la réalisation car son dernier film, The Harvest, date de 1992. Entre temps, il a écrit quelques scénarios dont celui d'Ennemi d'Etat réalisé par Tony Scott en 1998.
Le point de départ de l'histoire d'Intersections est un accident de voitures réunissant des personnages bien différents. Cette scène constituait donc un élément crucial du film, et elle s'est déroulée dans des conditions pour le moins risquées : "Tout était fait en direct, sans effets spéciaux numériques. Toutes les cascades ont été faites sur place", explique le coordinateur de cascades Dominique Fouassier. Pour rendre l'expérience encore plus inoubliable pour le spectateur et lui faire vivre l'accident au plus près, la séquence a été filmée avec des appareils photos dans des crash-box embarqués dans les voitures accidentées.
Roschdy Zem et Marie-Josée Croze font à nouveau équipe, 8 ans après Ordo, une comédie romantique réalisée par Laurence Ferreira Barbosa.
Le tournage d'Intersections s'est déroulé au Maroc, durant 1 mois et demi. Un plateau fixe avait été construit dans le désert, mais duquel il était impossible de s'éloigner au risque de se perdre dans cet environnement hostile. L'acteur Roschdy Zem se souvient de l'étrange sensation de tourner en ce lieu : "Il y avait ce paradoxe-là : un sentiment de liberté et en même temps de prison, parce qu'il n’y avait nulle part où aller."
Les actrices Gemma Arterton et Brooklyn Decker étaient prévues pour interpréter le rôle finalement attribué à Jaimie Alexander.
L'acteur Frank Grillo, habitué aux films d'action comme Le Territoire des Loups (2012) de Joe Carnahan ou Zero Dark Thirty (2013) de Kathryn Bigelow, n'a pas ressenti le besoin de préparer son personnage dans Intersections : "J’ai plus ou moins laissé le désert agir. Parce que se trouver en plein Sahara, ça vous affecte véritablement", explique-t-il.
Une grande partie du film a été tournée dans la continuité du scénario et en extérieurs, ce qui a poussé le directeur de la photographie Thomas Hardmeier à s'occuper de la lumière d'une manière particulière : "Je trouvais important de raconter le temps qui passe à travers différentes ambiances lumineuses ! Par exemple on a donné de la chaleur et de la densité pour des séquences qui se passent tôt le matin, et pour l’ambiance de mi-journée on a rendu les images plus neutres, plus claires et on a poussé les blancs", se rappelle-t-il.
A l'origine, Intersections devait sortir en novembre 2012 mais la date de sortie a été reportée à janvier 2013.
Intersections n'est pas à confondre avec Intersection réalisé par Mark Rydell et qui date de 1993. Il s'agissait d'un remake du film Les choses de la vie (1970) de Claude Sautet. Comme pour le film de David Marconi, le couple était au centre de l'intrigue, avec dans les rôles principaux Richard Gere et Sharon Stone.