Les Enfants de la pluie est librement adapté du roman A l'image du dragon, écrit par le français Serge Brussolo en 1982. Serge Brussolo a reçu le Prix du roman d'aventure en 1994 pour Le Chien de minuit. Un autre de ses livres, Conan Lord, carnets secrets d'un cambrioleur, a été élu Masque de l'année en 1995.
Le projet des Enfants de pluie voit le jour au début des années 80. Le scénariste et réalisateur français René Laloux (La Planète sauvage) décide à cette période d'adapter A l'image du dragon, le roman de Serge Brussolo, pour le grand écran et sous la forme d'un long-métrage d'animation. En 1982, René Laloux débute ainsi la rédaction d'une première mouture de script intitulée Le Monde des dieux-nains. Mais il ne récolte jamais les fonds nécessaires pour concrétiser le projet. Il faudra attendre une vingtaine d'années pour que Philippe Leclerc, son premier assistant de l'époque, ne reprenne le flambeau avec Les Enfants de la pluie.
Lorsque l'on demande au réalisateur Philippe Leclerc de définir Les Enfants de la pluie, celui-ci le voit comme "un film politico-social. Je pense d'ailleurs que si le film était sorti au moment des événements survenus à New York en septembre 2001, cela nous aurait placés dans une position très délicate sachant que le fanatisme est le sujet principal du film. (...) Notre réflexion a en quelque sorte été rattrapée par la réalité... Cela dit, le film, qui peut être vu comme une parabole, prône la tolérance, sujet universel s'il en est..."
Philippe Caza, co-scénariste et créateur graphique des Enfants de la pluie a été fortement séduit par le livre de Serge Brussolo, et notamment "l'idée du monde coupé en deux, les personnages statufiés, la peur de l'autre, la dualité, etc... Et puis c'est un univers d'héroic fantasy dans lequel je savais qu'il y aurait matière à dessiner."
Les Enfants de la pluie a été présenté lors de l'édition 2003 du Festival International du Film d'animation d'Annecy, dans la section avant-premières.