A l'origine, le réalisateur Abdelkrim Bahloul souhaitait réaliser un documentaire sur Jean Sénac, qui avait su prédire selon lui les années sombres de la guerre civile qui toucha l'Algérie au début des années 90. Le projet de documentaire se transforma en fiction en 1996, lorsque se déroula l'assassinat des moines de Tibehirine. "J'ai éprouvé la même honte que celle ressentie lorsque j'avais appris l'assassinat de Sénac en 1973", explique Abdelkrim Bahloul. "L'idée que l'on s'attaquait lâchement aux plus fragiles, à ceux qui s'étaient installés parmi nous - en Algérie - pour partager notre labeur et nos peines m'était insupportable. Le film sur Sénac m'a paru d'autant plus nécessaire, urgent. Devant la difficulter à monter un documentaire, j'ai pensé à écrire une fiction qui s'inspirerait de la vie de Sénac."
Le Soleil assassiné porte un regard sur l'Algérie à travers la figure du poète pied-noir Jean sénac, incarné dans le long-métrage par Charles Berling. Né en 1926 dans la région d'Oran, celui-ci fait ses débuts à Radio Alger puis se spécialise dans la poésie, fréquentant notamment Albert Camus. Après avoir adhéré au Front de Libération Nationale, Jean Sénac devient de plus en plus populaire : son émission de radio "Poésie sur tous les fronts" est un franc succès, notamment auprès de la jeunesse. Mais il agace le pouvoir en place par ses prises de positions en faveur des minorités, sa défense de la francophonie et son homosexualité affichée. Il est très vite renié par le régime qui l'amène à quitter sa villa et à mettre un terme à son émission. Jean Sénac meurt assassiné en 1973 dans des circonstances jamais élucidées.
Le Soleil assassiné est produit par les frères Luc et Jean-Pierre Dardenne, les réalisateurs de Rosetta, Palme d'Or au Festival de Cannes en 1999.
Le Soleil assassiné a été présenté lors du Festival de Venise 2003. La même année, il a reçu le Golden Zénith du Festival du Film de Montréal. En 2004, le long-métrage faisait partie de la sélection de la Biennale du cinéma arabe à Paris.