UC 0093, Neo Zeon dirigée par la "cométe rouge de zeon" Char Aznable en personne, revient avec une nouvelle armée montée au nez et à la barbe de la Fédération. Pendant ce temps, l'AEUG est dissoute. Elle est remplacée par Londo Bell, dont le but est similaire aux Titans : prévenir toute attaque de Neo Zeon. le vétéran Bright Noah a été mis à sa tête, et ils ont également recruté d'autres vétérans, comme Amuro Ray. Char tente de prendre possession de l'astéroïde Luna 5 durant la bataille de Gryps. Mission réussie, il parvient à le faire lancer sur Lhassa, au Tibet, là où se trouvait le nouveau QG de la Fédération. Adenauer Paraya, un politicien envoyé par la Fédération, a pour mission de négocier secrètement avec Char Aznable afin qu'il n'y ait plus de conflit. La négociation tourne à l'avantage de Char qui rachète l'astéroïde Axis à l'aide d'une très forte somme en or. Son plan, projeter Axis sur Terre pour anéantir toute vie dessus et accélérer l'évolution de l'humanité en NewTypes. Bright Noah, Amuro Ray, et tous les membres de Londo Bell devront alors tout faire pour empêcher cette catastrophe...
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