Le scripte de Welcome est signé de la plume de trois auteurs: Philippe Lioret, Emmanuel Courcol et Olivier Adam. Welcome marque la troisième collaboration scénaristique entre le réalisateur Lioret et Courcol, qui avait précédemment participé à l'écriture de L'Equipier et Je vais bien, ne t'en fais pas, et la seconde pour le scénariste et romancier Olivier Adam.
Depuis longtemps, Philippe Lioret avait l'idée de faire un film sur les personnes qui fuyant leurs pays d'origine pour rejoindre l'Angleterre se retrouvaient coincés à Calais. Après en avoir parlé à Emmanuel Courcol et Olivier Adam, ils ont commencé à chercher ensemble une histoire. Ils ont pris contact avec des associations et sont partis à Calais pour cotoyer la vie des bénévoles et des réfugiés.
Philippe Lioret a souvent pensé travailler avec Vincent Lindon pour ses précédents films, mais sans que cela se concrétise vraiment. Durant la phase d'écriture, Lioret a fait part de son projet à l'acteur, qui très emballé a accepté de faire le film sans lire le scénario. En règle générale Philippe Lioret évite d'écrire un film en pensant à un acteur, il essaye toujours de se concentrer sur les personnages. Pour Welcome, il a fait exception et a écrit le film spécifiquement pour Vincent.
Lioret et Lindon, à leur arrivé à Calais, se sont rendus au "quai de la soupe". Cet endroit porte bien son nom puisqu'il s'agit du lieu où une poignée de bénévoles fournisssent de la nourriture aux réfugiés. Sur place, le réalisateur et son acteur ont croisé des réfugiés très mal en point. A leur demande, ils les ont déposé dans une décharge, lieu de repli de cette communauté. Sans un mot ils sont retournés à l'hôtel, "cela se passait de commentaire" raconte Vincent Lindon. Le tournage de Welcome a commencé le lendemain.
Un certain nombre d'acteurs dans le film, sont des non professionnels, comme Firat Ayverdi (Bilal), les jeunes kurdes que Bilal rencontre à Calais, ou encore l'actrice qui interprète Mina (Derya Ayverdi).
Philippe Lioret, même si cela aurait coûté moins cher, ne voulait pas aller tourner en Roumanie ou en Tchéquie. Il a souhaité utiliser les vrais endroits, tels que les rue de Calais, le port trans-Manche, Blériot plage, et donner ainsi au film sa vérité.
Trouver l'acteur qui interprèterait le personnage de Bilal, fut le gros morceau du casting. Philippe Lioret et la directrice de casting Tatiana Vialle, ont voyagé durant des semaines. Ils ont cherché dans tous les endroits où la communauté kurde est importante: Berlin, Istanbul, Londres, Suède... Finalement, ils ont rencontré Firat Ayverdi en France.
Simon aide en secret un réfugié kurde en le logeant chez lui, or aider des personnes en situation irrégulière est puni par la loi. L'histoire que peint Philippe Lioret pourrait très bien se passer pendant la période de l'Occupation, avec un homme qui cache chez lui un juif et se fait prendre. "Sauf que ça se passe aujourd'hui à deux cents kilomètre de Paris" soulève le réalisateur.